Konflik antara Gus Dur dengan K.H. As'ad Syamsul Arifin

Perselisihan di antara K.H. As'ad Syamsul Arifin dimulai sejak pleno pertama PBNU hasil Muktamar Situbondo, di Pondok Tebuireng, Jombang pada januari 1985. Petama, rapat pleno memutuskan bahwa yang berhak dan boleh mewakili NU keluar adalah Rais Aam dan ketua Tanfidziyah (Gus Dur dan K.H. Achmad Siddiq). Keputusan ini dinilai membatasi gerak dan langkah ulama senior, terutama Kiai As'ad Syamsul Arifin yang sebelumnya sering bertemu Presiden Soeharto dan menteri-menteri. Kedua, K.H. As'ad Syamsul Arifin juga kecewa terhadap pernyataan Gus Dur mengenai susunan pengurus PBNU hasil Muktamar  ke-27 Situbondo yang dinilainya kurang diorientasikan kepada kemampuan, tetapi didasarkan pada titipan. Ia menyebut banyak nama, terutama tampilnya Sekjen Anwar Nuris (orang dekat Kiai As'ad). Ketiga, tindakan Gus Dur, di antaranya Gus Dur menjadi ketua DKJ (Dewan Kesenian Jakarta), membuka Malam Puisi Yesus Kristus, cenderung membela Syi'ah, dan mengganti Assalamu'alaikum dengan "selamat pagi atau "selamat sore" sebagai salam umum. Mengenai ketua DKJ, Kiai As'ad mensyaratkan agar melepaskan kegiatan di DKJ, Gus Dur menuruti. Sebenarnya hal-hal tersebut bukan hanya perselisihan antara dua tokoh, tetapi juga dipersoalkan oleh para kiai sampai para kiai mengadakan pertemuan khusus di Pondok Pesantren Darul at-Taubid, Arjawinangn, Cirebon untuk berdialog dengan Gus Dur dan kiai-kiai (sekitar 200 kiai hadir) yang menggugat Gus Dur pada Maret 1989. Melalui hasil pertemuan itu para kiai menilai ide-ide Gus Dur menyimpang dari jalur Ahlussunnah wal jama'ah. Akan tetapi, konflik di antara Kiai As'ad dengan Gus Dur tetap berlanjut.

Puncak perselisihan antara dua tokoh terjadi menjelang Munas dan Konbes di pondok Ihya' Ulumiddin, Cilacap, 15-18 November 1987 (sebelum pertemuan tersebut di atas). Ada satu hal penting yang terjadi , yaitu upaya penguatan kembali kelompok Cipete, dimana mereka menginginkan agar khittah 1926 NU ditinjau kembali.